W związku z art. 69 ust.1, pkt 3 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 roku o finansach publicznych ( Dz. U. Nr 157, poz.1240 ze zm.), w oparciu o Standardy kontroli zarządczej dla sektora finansów publicznych wprowadzone Komunikatem Nr 23 Ministra Finansów z dnia 16 grudnia 2009 r. ( Dz. Urz. MF Nr 15, poz. 84 ) w Powiatowej Stacji Sanitarno – Epidemiologicznej w Lęborku funkcjonuje system kontroli zarządczej, która  stanowi ogół działań podejmowanych dla zapewnienia realizacji celów i zdań w sposób zgodny z prawem, efektywny, oszczędny i terminowy.